A cintilografia de perfusão miocárdica é o principal exame realizado neste setor. Trata-se de um procedimento não invasivo de grande importância para o diagnóstico e estratificação de risco nos casos em que há suspeita de doença arterial coronariana. As informações obtidas a partir desse exame tornam mais seguras as tomadas de decisões, sendo freqüentemente o divisor de águas entre a opção pelo tratamento clínico (conservador) ou a adoção de uma conduta mais agressiva como o encaminhamento do paciente à coronariografia (cateterismo cardíaco) que por sua vez irá definir a necessidade de realização de uma angioplastia ou mesmo cirurgia de revascularização do miocárdio. Por vezes, mesmo naqueles pacientes já previamente submetidos a um desses procedimentos invasivos, o exame faz-se necessário, acrescentando informações de caráter funcional.
O setor de medicina nuclear da Fundação Bahiana de Cardiologia conta com uma equipe de profissionais com especialização em Cardiologia Nuclear em centros de referência como São Paulo e Estados Unidos. É equipado com duas salas de ergometria e duas gama-câmaras, ambas com tecnologia especialmente desenvolvida para a realização de exames cardiológicos. Uma das gama-câmaras, da marca Philips, recentemente adquirida, é equipada com o que há de mais moderno na especialidade.